这是于前作结束100年后的故事。主角是一位高中一年生，一天放学回家时，突然被一团光包围着，然后就带到称为「京」的异世界去了。
那时候的京，正分为帝和院（前任的帝）两股势力，就连贵族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨虽是被龙神挑选出来的龙神之神子，负上拯救京的责任，但为了守护神子而被选出来的八叶，却并不认同花梨是神子，而且八人之间亦因为分裂成两个政治党派而彼此不和。
花梨一边要令八叶成为自己的伙伴，一边则为拯救京而努力
烦恼的恋爱
跟前作一样，游戏流程会分为主流故事与及跟八叶之间的恋爱故事两部分。不过于遥２中，因加入院帝两股势力的政治元素，令神子在偏向其中一方时，另一方的八叶便会视神子为反对派，虽然还未至于变成敌人，但其好感度则肯定极之低落。在这样持相反意见的情况下，要跟另一方的八叶提升好感度，实在颇具难度。这就是所谓的「烦恼恋爱模式」了。
新战斗应援系统
于京的周围散策遇上怨灵时便会进入战斗画面，战斗形式基本上没什么改变，但在替八叶应援时，可因应八叶的性格，向同一八叶连续说两句不同的应援合词，组合得宜的话便可达成「应援COMBO」，使该八叶的集中力得到大量提升。
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